بیماری و درمان بعد از پیروزی انقلاب ایران در سال ۱۳۵۷ خمینی شهر قم را به عنوان محل زندگی انتخاب می‌کند و در مدت اقامت در قم چند مورد عوارض قلبی را از سر می‌گذارد که شدیدترین آن‌ها در ۳ بهمن ۱۳۵۸ رخ می‌دهد و منجر به انتقال وی به تهران، بستری در بیمارستان قلب و تصمیم به اقامت دائمی در تهران می‌شود. بار دیگر در ۶ فروردین ۱۳۶۵ خمینی دچار ایست قلبی و تنفسی می‌شود که با انتقال سریع به بیمارستان مجهزی که در نزدیکی جماران توسط سپاه پاسداران تأسیس شده بود از مرگ نجات می‌یابد. علت اصلی درگذشت بنیانگذار جمهوری اسلامی ایست قلبی اعلام شد ولی وی در اواخر عمر به سرطان معده مبتلا شده بود، این بیماری قبل‌تر و دوره تبعید وی در نجف نیز در او مشاهده شده بود ولی پیشرفت بیماری در آن زمان کند شده بود. نوع سرطان وی بسیار تهاجمی با سرعت پیشرفت بالا بود به نحوی که در حدود دو هفته از اولین نشانه‌ها در ۲۸ اردیبهشت ۱۳۶۸ باقی اندام‌ها را نیز درگیر کرده بود. پس از تشخیص سرطان با نظر سران وقت سه قوه و احمد خمینی فرزند وی تصمیم به جراحی به جای شیمی درمانی گرفته شد و اقدامات درمانی تا لحظه مرگ او به علت سکته وسیع قلبی ادامه یافت. روح‌الله خمینی در ساعت ۲۲ و ۲۰ دقیقه ۱۳ خرداد ۱۳۶۸ به ساعت رسمی ایران به علت سکته وسیع قلبی درگذشت. خبر فوت وی در ساعت ۷ صبح ۱۴ خرداد در اولین بخش خبری رادیو سراسری ایران به اعلام عمومی رسید. خبر درگذشت او را محمدرضا حیاتی خواند، این بخش خبری و صدای محمدرضا حیاتی یکی از معروف‌ترین بخش‌های خبری در ایران است و بارها شنیده شده است.