بعد از پیروزی انقلاب ایران در سال ۱۳۵۷ خمینی شهر قم را به عنوان محل زندگی انتخاب کرد و در مدت اقامت در قم چند مورد عوارض قلبی را از سر گذارد که شدیدترین آن‌ها در ۳ بهمن ۱۳۵۸ رخ داد و منجر به انتقال وی به تهران، بستری در بیمارستان قلب و تصمیم به اقامت دائمی در تهران شد. بار دیگر در ۶ فروردین ۱۳۶۵ خمینی دچار ایست قلبی و تنفسی شد که با انتقال سریع به بیمارستان مجهزی که در نزدیکی جماران توسط سپاه پاسداران تأسیس شده بود، از مرگ نجات یافت.

علت اصلی مرگ خمینی ایست قلبی اعلام شد ولی او در اواخر عمر به سرطان معده مبتلا شده بود. این بیماری قبل‌تر و دورهٔ تبعید وی در نجف نیز در او مشاهده شده بود ولی پیشرفت بیماری در آن زمان کند شده بود. نوع سرطان وی بسیار تهاجمی با سرعت پیشرفت بالا بود به نحوی که در حدود دو هفته از اولین نشانه‌ها در ۲۸ اردیبهشت ۱۳۶۸ باقی اندام‌ها را نیز درگیر کرده بود. پس از تشخیص سرطان با نظر سران وقت سه قوه و احمد خمینی فرزند وی تصمیم به جراحی به جای شیمی درمانی گرفته شد و اقدامات درمانی تا لحظه مرگ او به علت سکته وسیع قلبی ادامه یافت......